不同基因家族密码子使用偏性分析

摘要

该文对不同基因家族密码子的使用偏性进行了研究.由于遗传密码的简并性,在翻译过程中同义密码子的使用概率不同.当前已经发现基因密码子的使用概率与基因的转录、基因的功能、所编码蛋白的结构以及mRNA的翻译有着密切的关系.在该文中,我们建立了密码子使用概率的分析模型,利用MicrosoftVisualC++编程语言编写了计算密码子使用概率的软件系统Gene_ Codon,创建了基固密码子使用概率数据库Codon_ Data.该文用系统聚类分析方法对3种哺乳动物的主要组织相容性复合体(MHC)基国以及人类HLA核酸序列同义密码子使用偏性进行了研究.结果发现,不同物种的MHC基因中相同类型的基因具有相近的同义密码子使用偏性,而对于同一类型的基因由物种引起的同义密码子使用偏性的差异较小.即功能和类型决定密码子使用模式的大的分类,而物种决定该大类中进一步的差异.该文同时对8种功能类型的266条酿酒酵母基因进行方差分析,结果表明,不同功能的基因其密码子使用偏性有着显著的区别.

目录

摘要

ABSTRACT

第一章绪论

1.1人类基因组计划

1.2生物信息学

1.3关于本文

参考文献

第二章密码子使用偏性理论

2.1中心法则与遗传密码

2.1.1中心法则

2.1.2遗传密码

2.2密码子使用偏性

2.2.1密码子使用情况

2.2.2密码子使用偏性相关的数学量

2.2.3影响密码子使用偏性的有关因素

2.2.4密码子使用偏性的研究意义

2.3密码子使用偏性研究的多元统计方法

2.3.1密码子使用概率研究中多元统计方法的应用

2.3.2聚类分析简介

参考文献

第三章密码子使用偏性分析模型

3.1基因密码子使用偏性计算系统

3.1.1密码子使用概率计算系统的开发环境

3.1.2密码子使用概率计算系统Gene_Codon的运行要求

3.1.3密码子使用概率计算系统Gene_Codon的用户操作指南

3.2基因密码子使用情况数据库

3.2.1 Microsoft Access的概要

3.2.2 Codon Data的表结构

3.2.3 Codon Data与Gene_Codon以及SPSS的连接

3.3多元统计分析软件系统

参考文献

第四章MHC密码子使用偏性分析

4.1主要组织相容性复合体

4.1.1 MHC分子的功能

4.1.2人类HLA基因复合体

4.1.3 HLA等位基因及编码产物的命名

4.2 3种哺乳动物的MHC密码子使用偏性分析

4.2.1基因的选取

4.2.2 3种哺乳动物MHC密码子使用概率的聚类分析

4.3 HLA密码子使用偏性分析

4.3.1基因的选取

4.3.2 HLA密码子使用概率的聚类分析

参考文献

第五章酵母基因密码子使用偏性分析

5.1酿酒酵母基因组

5.1.1酵母基因组的序列信息

5.1.2酵母蛋白质组

5.2酿酒酵母密码子使用偏性分析

5.2.1基因的选取

5.2.2酵母基因密码子使用偏性的方差分析

参考文献

第六章基因不同区段密码子使用偏性分析

6.1不同区段密码子使用偏性

6.1.1密码子区段使用偏性相关的数学量

6.1.2密码子区段使用偏性的研究意义

6.2不同区段密码子使用偏性计算系统

6.2.1密码子区段使用偏性计算系统的开发环境

6.2.2密码子区段使用偏性计算系统CodonAnalysis的运行要求

6.2.3密码子区段使用偏性计算系统CodonAnalysis的用户指南

6.3酵母基因区段密码子使用偏性分析

6.3.1编码区起始端密码子使用偏性(PBCU)分析

6.3.2编码区终止端密码子使用偏性(PBCU)分析

6.3.3编码区起始端和终止端氨基酸区段差异度(PDAA)分析

参考文献

第七章总结和展望

7.1论文总结

7.2展望

致谢