Small RNA深度测序鉴定甘薯种质的甘薯曲叶病毒

摘要

本研究利用Small RNA深度测序对长沙、永州、邵阳等地采集的甘薯种质资源病毒症状样品进行鉴定,发现样品中含有与甘薯曲叶病毒同源的系列。设计引物进行PCR扩增,鉴定出24个SPLCV-AC1基因片段序列,经NCBI-Blast比对,与10个不同株系SPLCV同源性达96%以上。为进一步获得SPLCV全长序列,设计背靠背引物,经PCR扩增、鉴定,获得3个SPLCV全长序列。系列进化分析显示,这3个SPLCV分离物聚为同一分支,其中SPLCV(76)序列大小2 774 bp,与甘薯乔治亚曲叶病毒中国分离物、甘薯金脉病毒具有较高同源性;SPLCV(47)序列大小2 777 bp,与甘薯河南曲叶病毒分离物具有较高同源性;SPLCV(68)序列大小2 832 bp,与甘薯广西曲叶病毒分离物具有96%的同源性。以上同源系列与Small RNA测序显示结果相一致。本研究结果为甘薯病毒病防控提供理论依据。