柯萨奇病毒A6型的分子鉴定及VP1区序列分析

摘要

目的对2012年-2013年宁波鄞州地区柯萨奇病毒A6型（CA6）进行分子鉴定,并对其VP1部分序列进化分析。方法 RT-PCR对2012年-2013年手足口病人的标本进行病原检测;兼并引物222-292对部分CA6阳性标本VP1部分序列进行扩增、克隆和测序;经过BLAST比对确定病毒的基因型;通过Mega 4.0对VP1序列的差异进行同源性分析。结果 2012年-2013年,共检出CA6阳性230份,占非EV71和非CA16肠道病毒阳性病例的61.8%（230/372）。测序结果表明,CA6核酸检测阳性的标本所获得的序列均为CA6型,且VP1区核苷酸序列具有高度一致性,与周边国家或地区CA6的核苷酸同源性为94.3%~99.1%。结论兼并引物222-292对CA6有良好的基因扩增特异性;2012年-2013年宁波市鄞州区手足口病的病原除EV71和CA16外,CA6也是重要的病原。