基于4种线粒体基因序列的广东省南雄市农区小型兽类DNA条形码分析

摘要

目的利用4种线粒体基因对广东省南雄市农田害鼠进行鉴定,探讨不同条形码基因应用于小型兽类鉴定的可靠性。方法2019年在南雄市珠玑镇农田捕获110只鼠形动物样本,对部分样本通过提取基因组DNA、通用引物扩增线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)、线粒体细胞色素B(Cytb)、16S rRNA和线粒体DNA控制区(D-loop)基因片段及测序,经同源性比对、遗传距离分析和系统发育树构建鉴定鼠种,并与传统形态学鉴定结果进行比较。结果经过4种基因序列条形码分析,样本隶属于2目2科4属6种。其中臭鼩鼱D-loop不能扩增出条带,臭鼩鼱Cytb、黄毛鼠16S rRNA序列不能正确比对。不同鼠种及不同基因种内遗传距离均小于种间遗传距离。系统发育树显示,同一鼠种均聚为一支,支持率在99%以上,6个样本遗传学鉴定结果与形态学鉴定结果不同。结论DNA条形码技术是传统形态学鉴定的有力补充,实际应用时,可依据数据库的完整性和准确性合理选择不同的条形码基因,并利用多基因相互验证,以保证鉴定结果准确。