利用简化基因组测序数据鉴定蚕豆SNP

摘要

蚕豆(Vicia faba L.)是中国一种重要的食用豆类作物。由于蚕豆基因组较大,尚无参考基因组,因而目前蚕豆上SNP标记数量有限。为了开发全基因组范围内的SNP,本研究对8份蚕豆地方品种进行了简化基因组测序,共获得35.47 Gb的数据,每份种质平均测序量为4.77 Gb;生成Reads总数为245443516个,单个Read平均长度为144 bp,单个种质获得的平均Reads数目为30680439.5;Q20和Q30分别大于97.89%和93.83%,GC含量变异幅度为38.05%~40.09%。利用无参考基因组情况下特殊的贝叶斯算法,从中共鉴定到3722个SNP,单个种质上鉴定出的SNP数目变异为3278~3578,其中大部分种质中纯合SNP突变数目大于杂合SNP突变数目。突变类型中,T:A->C:G突变类型所占的比例最大(平均38.8%),其次为C:G->T:A(平均28.0%),出现比例最小的为T:A->A:T(平均7.50%)。本研究选择了31个SNP转化为KASP标记,在46份种质中的扩增成功率为66.7%。本研究所鉴定的SNP为蚕豆种质资源鉴定、基因定位及分子育种提供了有力的遗传工具。