基于药效团和分子对接筛选D-丙氨酰-D-丙氨酸连接酶抑制剂

摘要

试图通过虚拟筛选来发现具有抑制D-丙氨酰-D-丙氨酸连接酶(D-alanine-D-alanine ligase,Ddl)潜力的新结构类型抗生素。以活性较强的Ddl抑制剂作为训练集,使用Discovery Studio软件中的HipHop模块构建10个药效团,以性能最好的药效团对Specs化合物库进行虚拟筛选,然后通过LibDock进行基于分子对接(PDB ID:1IOW)的筛选。结果表明,high_active_08模型预测性能最佳,该模型含有2个氢键受体和3个氢键供体共5个药效团特征元素。用药效团模型、分子对接对Specs库进行高通量筛选,通过结合模式分析最终从约21万化合物库中得到34个化合物,经过分子聚类确定11个有潜力且与药效团匹配度高的多样性Ddl小分子抑制剂。high_active_08药效团模型可以筛选出具有Ddl抑制潜力的结构新颖的抗菌化合物。