基于RNA-Seq技术大鼠放射性肺损伤转录组学分析

摘要

目的分析放射性肺损伤(RILI)大鼠的差异表达基因,从转录组水平探讨大鼠RILI的机制。方法选取40只SD大鼠并随机分为实验组(30 Gy右肺照射组)与对照组。建立RILI大鼠模型,提取两组大鼠右肺组织RNA,采用Illumina平台进行测序。采用DESeq2软件(1.20.0)分析两组的基因表达变化,并采用实时逆转录聚合酶链反应对其中6个关键差异表达基因进行验证。对差异表达基因进行聚类分析、GO功能富集分析及KEGG通路富集分析。结果转录组学分析实验组与对照组之间有414个差异表达基因[P1.0],其中,270个上调基因,144个下调基因。根据基因的差异倍数和所富集到的炎症相关的通路筛选出的关键差异基因包括Fos、Cxcl2、Nr1d1、Angptl4、Ccn4、Tnc,实时逆转录聚合酶链反应验证结果与转录组测序分析趋势一致。GO功能富集分析的结果显示,差异基因主要参与染色体分离、核分裂、细胞器裂变等过程;KEGG通路富集分析的结果显示,差异基因参与昼夜节律、ECM受体相互作用、cAMP信号通路、TNF信号通路等重要生物学过程。结论本研究初步分析获得了大鼠RILI相关差异表达基因及其相关通路,为RILI的临床诊治提供了实验依据。