血管内皮生长因子及其受体在人皮肤黑素瘤的组学数据分析

摘要

目的研究血管内皮生长因子(VEGFA、VEGFB)及其受体KDR、FLT1在人皮肤黑素瘤中的基因组学、转录组学变异及其与临床预后的相关性。方法利用TC-GA数据库,分析VEGFA、VEGFB及其受体KDR、FLT1的基因组学、转录组学突变频谱及其变化与临床预后的相关性;通过生物信息学筛选其共同相关基因,探索其可能的分子机制。结果在TCGA数据库同时具备基因组信息和转录组信息的287例黑素瘤样本中.VEGFA基因突变率为5.92%,VEGFB突变率为2.09%,KDR突变率为16.72%,FLT1突变率为12.54%,其突变与黑素瘤患者生存期无明显关系,转录组数据显示VEGFA mRNA表达上调率为3.48%,VEGFB mRNA表达上调率为3.83%,KDR mRNA表达上调率为2.09%,FLT1 mRNA表达上调率为3.83%,VEGFB表达上调与患者临床预后显著相关,表达上调和表达无变化者生存中位数分别为33.9个月和94.91个月(P=6.870e-4),VEGFA和KDR表达上调对患者预后有影响趋势,但差异无统计学意义。生物信息学分析显示CMTM1、QKI、BACH1可能是影响VEGFA/B作用的关键基因,提示其可能作为抗血管生成治疗的靶位点。结论VEGFA、VEGFB及其受体KDR、FLT1在人黑素瘤中存在着拷贝数扩增和表达量的显著上调,VEGFB的变化与患者临床预后显著相关,提示其可能在黑素瘤的血管生成中发挥着重要作用。本研究为临床黑素瘤的治疗提供了有益线索。