利用生物信息学分析方法研究糖酵解相关基因在宫颈癌组织中的表达谱

摘要

目的:利用生物信息学分析方法研究多个糖酵解相关基因在宫颈癌组织中的表达谱.方法:从TCGA数据库官网下载宫颈癌转录组测序数据,从GSEA数据库下载与糖酵解相关的基因集.提取TCGA数据库宫颈癌组织样本中糖酵解相关基因转录组表达谱数据.筛选出宫颈癌组织的差异基因.对这些差异基因进行GO功能和KEGG通路富集分析.利用string构建这些基因的蛋白互作网络,并用cytoscape软件中的cytohubba插件对这些差异基因进行蛋白互作网络分析.根据degree值筛选蛋白互作网络中的核心基因.结果:从TCGA数据库宫颈癌组织样本中筛选出了76个与正常宫颈组织基因存在差异的糖酵解相关基因.这些差异基因显著富集在与能量代谢相关的功能和通路上.在这些差异基因中,有CDK1、NDC1、NUP107、PFKM、IGF1和HK2六个可识别的蛋白互作网络核心基因.结论:宫颈癌组织中存在多个与正常宫颈组织基因存在差异的糖酵解相关基因.这些差异基因显著富集在与能量代谢相关的功能和通路上.在这些差异基因中,有CDK1、NDC1、NUP107、PFKM、IGF1和HK2六个可识别的蛋白互作网络核心基因.