食管癌易感基因C20orf54的生物信息学分析

摘要

目的 利用生物信息学方法对食管癌易感新基因C20orf54进行特征分析和功能预测,以获得该基因及其编码蛋白更多的功能提示.方法 应用Blat、Blast、ProtParam、SOPMA、ScanProsite、SignalP4.1、TMHMM、PSORT和UniGene等软件或数据库,进行染色体定位、序列的相似性比较、理化性质、二级结构、亚细胞定位、功能位点识别.采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR),验证C20orf54基因在食管癌细胞和鼻咽癌细胞中的表达情况.结果 C20orf54基因进化保守,蛋白质不稳定,具有疏水性,定位于细胞膜的可能性最高,序列中预测有蛋白激酶C、酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点和N-糖基化位点及N-豆蔻酰化位点.二级结构主要是α螺旋和无规则卷曲.C20orf54基因可在食管癌细胞和鼻咽癌细胞中表达.结论 人类C20orf54蛋白是定位于细胞膜上的不稳定疏水蛋白,可能在体内参与多种生物学过程,但可能并不是在食管癌组织特异表达的分子标志.