基于ITS2序列及二级结构鉴别维吾尔药材黑加仑及混伪品

摘要

目的建立了基于核基因内部转录间隔区(ITS2)序列及二级结构鉴别维吾尔药材黑加仑及其混伪品(黑加仑葡萄和异果小檗)的方法。方法对维吾尔药材黑加仑及其混伪品的ITS2序列进行聚合酶链式反应(PCR)扩增并双向测序,Codon Code Aligner软件对测序峰图进行序列拼接,用MEGA 6.0软件对拼接后的序列进行多重比对。计算种内、种间遗传距离,构建邻接法(Neighbor-Joining,N-J)系统聚类树,预测其ITS2二级结构。结果经PCR扩增测序后,黑加仑药材ITS2序列长度均为238 bp,GC含量为57.14%~57.98%,A1为主体单倍型;黑加仑葡萄药材序列长度均为226 bp,GC含量为47.79%,仅为一个单倍型;异果小檗药材序列长度均为223 bp,GC含量为53.36%,仅为一个单倍型。并且维吾尔药材黑加仑的种内遗传距离明显小于种间遗传距离。二级结构表明黑加仑及混伪品其螺旋区的茎环数目、大小、位置以及螺旋角度均有明显差异。结论ITS2序列可以作为鉴定维吾尔药材黑加仑及其混伪品的DNA条形码,为维吾尔药材黑加仑的用药安全提供有效的科学技术手段。