黑喉石斛叶绿体基因组特征及比较分析

摘要

本研究结合Illumina高通量测序和Nanopore测序技术,对黑喉石斛(Dendrobium ochreatum)的叶绿体基因组(cpDNA)进行测序,组装得到其cpDNA全长序列并绘制结构图谱.黑喉石斛cpDNA全长154935 bp,注释共得到125个基因,其中有unigenes 103种,包含73种蛋白编码基因,26种tRNA基因和4种rRNA基因.特征分析结果表明:黑喉石斛cpDNA中共存在58个SSR(simple sequence repeat)位点,大部分为单核苷酸重复和二核苷酸重复类型,碱基组成以A/T碱基类型为主;其偏好的密码子共32个,其中有30个以A/U碱基结尾.以黑喉石斛与其他13种石斛的cpDNA构建系统发育进化树,结果显示,鼓槌石斛(D.chrysotoxum)和梳唇石斛(D.strongylanthum)与黑喉石斛具有较近的亲缘关系,IR/SC边界分析结果也映证了此结论.以黑喉石斛为参照,与3种近缘石斛的cpDNA进行全序列长对比,结果显示,4种石斛的序列变异主要发生在单拷贝区,基因间隔区的变异明显高于基因编码区.