橡胶灵芝菌(Ganoderma pseudoferreum)DNA条形码检测筛选

摘要

选用10对DNA条形码标准序列ITS、COI、nrDNA-LSU、nrDNA-SSU和trnL DNA对海南和云南红根病区分离的21个橡胶灵芝菌进行检测.除COI和trnL DNA外,其他8对引物均扩增得到PCR产物,产物大小范围为268～1355bp,种内相似度为98.05％～99.54％.分别将扩增得到的序列与GenBank公布上的Ganoderma属和常见真菌属序列,共77个ITS、74个nrDNA-LSU和74个nrDNA-SSU序列进行系统进化树构建与分析.结果表明:nrDNA-LSU序列和nrDNA-SSU序列种间差异较小,不能准确区分Ganoderma属及其他属;5对ITS序列均能区分Ganoderma属,但仅ITS1/ITS4序列能将Ganoderma属下16个种归入不同分支.ITS1/ITS4序列表现出适宜的种内与种间差异,适宜作为G.pseudoferreum的DNA条形码.