基于简化基因组测序分析云南小桐子遗传多样性

摘要

为深入了解云南省热带能源植物小桐子的遗传多样性和亲缘关系,本研究以云南省9个种源地的小桐子群体为材料展开联合分析。为了研究群体多态性,以MISA程序开发了8对SSR分子标记,PCR扩增后选取多态性较好的4对引物以9个居群95个材料DNA进行了扩增,发现JC01引物多态性最好,达0.711。聚类分析表明保山地区和西双版纳地区可能作为云南省小桐子的亲本或起源,各居群间亲缘关系和地理位置有一定相关性。本研究对各采集地种子和幼苗时期生物学性状的综合考察发现地下部分鲜重(UFW)性状群体变异系数最大,分离明显。选择UFW极端差异的2个居群(版纳勐海和楚雄元谋)以BSA分离法进行RAD简化基因组测序,基因组组装分别得到2783和3033条contigs,利用GenomeScope对基因组组装数据分析发现2份材料均为二倍体,GWAS分析在全基因组水平挖掘到有效SNPs 22756个,其中UFW高频SNPs集中于9号染色体,有3个候选蛋白与UFW性状连锁。研究结果表明云南省不同地区小桐子居群具有较高的遗传多样性,初步明确了云南本地小桐子种质的独特性。