稻瘟病菌阅读框架中SSR频率、分布及所在基因功能

摘要

在对稻瘟病菌基因组中SSR分布进行了系统分析的基础上,对由1～6个碱基为重复单元的SSR在基因的蛋白质编码区中的分布进行了分析.结果表明,该病原菌的2 378个基因的编码区中共分布有3 240个SSR序列(标准是15bp以上,匹配值为80%).在已经有注释的4 732个基因中,861个基因的编码区中有SSR.编码区中的SSR以三碱基重复和六碱基重复为主,其他类型的SSR则很少在编码区中出现.SSR在这些基因中很少有保守性,表明这些基因的高度变异,或者起源是较晚的.含有SSR的基因多为转录蛋白、信号传导的细胞调节基因这一现象表明,SSR在物种形成过程中有重要作用.利用基因编码区中丰富的SSR序列信息及其变化带来的功能变化的信息,将可以在该菌功能基因组的研究中发挥十分重要的作用.