基于TCPA数据库分析宫颈癌蛋白表达及其临床意义

摘要

目的 基于癌症蛋白质组图谱(TCPA)以及癌症基因组图谱(TCGA)数据库分析宫颈癌蛋白表达情况,研究宫颈癌相关蛋白表达对宫颈癌预后及临床意义.方法 从TCPA数据库中下载CESC(cervical squamous cell carcinoma and endocervical adenocarcinoma)患者肿瘤的的反相蛋白芯片(reverse-phase protein arrays,RPPA)数据(v4.2版本,level 4数据,Dataset ID为TCGA-CESC-L4),以及TCGA(https://portal.gdc.cancer.gov/,检索时间:2020.06.22)下载CESC患者的临床资料.采用R 3.6.3统计软件,应用KM检验及单因素Cox分析预后相关的蛋白,分析蛋白表达与宫颈癌预后作用,构建风险模型,并进行风险模型的独立预后分析.结果 与宫颈癌预后显著相关的纳入风险模型的蛋白有7个,其中CYCLIND1、MEK1_pS217S221、SMAD3、X4EBP1_pT70、YAP、CRAF_pS338为高风险蛋白,Bcl-2为低风险蛋白.基于蛋白表达及预后分析所构建的由7种蛋白组成的宫颈癌预后风险模型是宫颈癌的独立预后因子,AUC为0.804.结论 基于对TCPA及TCGA数据库的蛋白表达及预后分析在显示宫颈癌中,蛋白表达与宫颈癌癌的预后显著相关,我们所构建的7种蛋白组成的宫颈癌预后风险模型在评价宫颈癌预后中具有很好的价值,但由于缺乏中国大队列患者组成的数据库数据验证,因此后续仍需要开展大量工作进一步检验其在临床实际应用中的效能.