一株鸡源H6N1亚型禽流感病毒全基因的分子特征

摘要

2008年国家禽流感参考实验室在我国禽流感流行病学调查期间分离到l株鸡源H6N1亚型禽流感病毒(AIV)A/Chicken/Zhe Jiang/80/2008(H6N1)(简称为CK/ZJ/80/08),为了弄清该病毒的分子特征,我们对其8个基因片段分别进行扩增和序列测定,对每个基因进行BLAST分析,找出同源性最高的毒株.利用DNAStar中的Megalign功能进行进化分析.结果表明CK/ZJ/80/08的HA裂解位点附近的氨基酸序列为QIETR↓ GLF,推测可能为一株低致病力AIV.其HA基因与日本北海道的A/duck/Hokkaido/228/2003(H6N8)和黑龙江的A/mallard/Heilongjiang/131/2006(H6N2)以及香港早期分离株A/chieken/HongKong/17/77(H6N1)等处于同一分支;NA基因在颈部没有缺失,与A/duck/Tsukuba/718/2005(HINl)、A/goose/Guangdong/1/96(H5N1)等处于同一分支;M基因与A/duck/Hokkaido/W90/2007(H10N7)高度同源(同源性为99%);NS基因与A/duck/Denmark/65047104(H5N2)和A/goose/Guangdong/1/96(H5N1)处于同一分支.NP、PA、PB1、PB2分别与贵州和江西分离的H5N2亚型AIV的相应基因关系密切,同源性分别为98%、97%、97%、97%.由此推测CK/ZJ/80/08可能是由H6N2、H1N1、HION7、H5N2等多个亚型病毒重组而成.