不同串联重复序列位点组合用于中国结核分枝杆菌基因分型的能力比较分析

摘要

目的初步评价不同串联重复序列（VNTR）位点在中国8省市结核分枝杆菌基因分型中的应用,寻找适合中国地区结核分枝杆菌基因分型的位点组合。方法从中国8个省（市、自治区）2800余株结核分枝杆菌临床分离菌株中以简单数字表法随机抽取140株,采用多位点数目可变串联重复序列分析方法（MLVA）对27个数目可变VNTR位点进行基因多态性检测,采用BioNumerics数据库软件进行单位点和不同位点组合的分辨率（Hunter-Gaston指数,HGI）分析,并比较分析其对140株菌的基因分型鉴定能力。同时采用间隔区寡核苷酸分型（Spoligotyping）将140株菌分为北京家族和非北京家族,评价上述不同VNTR位点组合在北京家族和非北京家族中的分型能力。结果140株菌主要可分为2个基因群,即北京家族112株,占80%;非北京家族28株,占20%。Spoligotyping分型对140株结核分枝杆菌的HGI为0.4589。MLVA分析结果显示不同位点在不同菌株群存在明显的多态性,不同位点的HGI具有较大差异（0～0.809）,对全部菌株、北京家族菌株、非北京家族菌株的HGI达到0.5以上的VNTR位点数分别为8、7和14个。27个VNTR位点进行不同的位点组合:优化筛选的8位点组合、国际推荐的12个、15个和24个位点组合。4个组合的HGT分别为0.9991、0.9882、0.9980和0.9986;在北京家族菌株中,上述组合的HGI依次为0.9987、0.9318、0,9969和0.9975;在非北京家族菌株中分别为1、0.9894、1和1。结论不同的VNTR位点和不同VNTR位点组合在中国8省市结核分枝杆菌中的HGI均存在明显差异;本研究优化的8个位点组合MLVA分型方法在中国结核分枝杆菌流行病学研究可能具有良好的应用前景。