2005—2010年浙江省腮腺炎流行株与疫苗株S79全基因组序列比较分析

摘要

目的比较浙江省腮腺炎流行株与疫苗株S79的全基因组序列差异。方法选择浙江省于2005-2010年分离得到的4株腮腺炎流行株进行研究,分别为ZJ05-1、ZJ06-3、ZJ08-1和ZJ10-1。采用RT-PCR法扩增流行株全基因序列,并与疫苗株S79及其他基因型毒株序列进行比对,计算遗传距离及进行进化分析。结果 4株腮腺炎流行株与疫苗株S79在膜相关蛋白基因上差异率最大,核苷酸平均差异数为42.5±3.0,平均差异率为13.6%,氨基酸平均差异数为12.8±1.5,平均差异率为22.4%;而在基质蛋白基因上的差异率最小,核苷酸平均差异数为73.8±2.5,平均差异率为5.9%,氨基酸平均差异数为3.0±0.8,平均差异率为0.8%。4株流行株的膜相关蛋白基因的dn/ds值最大,已达0.6526,但仍未受到正向压力（dn/ds＜l;X~2=0.87,P＞0.05）。流行株在已知的抗原表位如膜相关蛋白基因第8位氨基酸,以及血凝素/神经氨酸酶蛋白基因第336与356位氨基酸上均存在变异。与疫苗株相比较,ZJ05-1、ZJ06-3、ZJ08-1和ZJ10-1的糖基化位点各增加了1、1、2和2个。各基因型毒株氨基酸全序列比较表明,F基因型腮腺炎流行株可能存在17个特征性位点。在全基因组上,浙江省腮腺炎流行株与疫苗株的组间遗传距离（0.071）明显大于与云南株的组间遗传距离（0.013）,差异有统计学意义（t=4.14,P＜0.05）;除核壳蛋白基因外,其余各个基因构建的进化树均类似。结论浙江省腮腺炎流行株与疫苗株在各个基因上均已产生了一定的差异。