小鼠蛛网膜下腔出血后大脑皮层长链非编码RNA及mRNA的表达谱研究

摘要

目的探讨小鼠蛛网膜下腔出血（SAH）后早期大脑皮层长链非编码RNA（lncRNAs）及mRNAs的差异表达情况,寻求调控SAH后早期脑损伤（EBI）的新机制。方法 6只C57BL/6J雄性基因野生型小鼠按随机数字表法分为假手术组及SAH组（n=3）,后者采用颈动脉内穿刺法构建SAH模型。造模后24 h断头取脑,提取皮层总RNA。经质量检测合格后,行PCR扩增建立cRNA文库,采用Illumina HiSeqTM2500测序。运用软件Tophat2将转录本比对至小鼠基因组,运用RPKM法分别计算lncRNAs及mRNAs的表达量。通过数据库KEGG、GO富集对有差异表达的mRNAs进行通路分析,得到mRNAs参与的生物学途径。运用实时定量荧光PCR（qRT-PCR）技术对部分有差异表达的lncRNAs（fantom3 C730003K16、fantom3 1830129C17、fantom3 A430024L20、fantom3 C330006P03）进行验证。结果成功得到假手术组及SAH组小鼠大脑皮层lncRNAs及mRNAs的表达谱。3对样本中均有差异表达的lncRNAs共617种,其中103种上调、514种下调。3对样本中均有差异表达的mRNAs共444种,其中387种上调、54种下调。GO富集及KEGG通路分析提示,有差异表达的mRNAs涉及到包括炎症在内的多种生物学途径。随机选取的4条lncRNAs的变化趋势（fantom3C730003K16、fantom31830129C17表达上调,fantom3A430024L20、fantom3C330006P03表达下调）经qRT-PCR技术得到验证。结论小鼠SAH后大脑皮层lncRNAs较正常脑组织存在明显差异,IncRNAs也许可以成为SAH后EBI病情及预后的判断标志以及潜在的治疗靶点。