我国新分离盖塔病毒的部分基因组分子特征研究

摘要

目的通过分子生物学方法研究我国山东省2008年分离的盖塔病毒（DY0824）基因组分子生物学特征。方法应用逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）扩增出结构区基因和3′UTR片段,连接到载体中进行序列测定,然后用Clustal X1.83和MegaAlign软件对测定的核苷酸和推测的氨基酸序列进行比较分析,用Mega4软件绘制系统发生树。结果 DY0824病毒株衣壳蛋白由804个核苷酸组成,编码268个氨基酸,与国内外其他分离株的核苷酸同源性为95.4%～99.9%,氨基酸同源性为97.4%～100%。E2蛋白全长1266个核苷酸,编码422个氨基酸,与其他株的核苷酸同源性为94.8%～99.5%,氨基酸同源性为97.6%～100%。该病毒3′UTR由401个核苷酸组成,存在3个重复序列。结论山东省新分离盖塔病毒衣壳蛋白和E蛋白基因与该病毒原型分离株相比分别存在7个和10个氨基酸差异位点,病毒3′UTR区域存在多个核苷酸差异位点。