基于分子对接理论筛选抗COVID-19潜在性药物海藻酸

摘要

目的 以血管紧张素转换酶-2(ACE2)和SARS-CoV-2的3CLMpro水解酶,以及SARS-CoV-2-3CL蛋白酶(3CL pro)与新型抑制剂的复合物为靶标,利用分子对接技术筛选海藻酸作为ACE2潜在阻断剂和3CLMpro潜在抑制剂,从而指导SARS-CoV-2潜在阻断剂和抑制剂药物研发.方法 利用计算机程序进行蛋白大分子处理和小分子配体预处理,确定合适位点,利用Autodock Vina程序进行对接,得出潜在抗SARS-CoV-2的海藻酸结构.结果 与结论小分子量海藻酸在RMSD值＜2时具有较好结合能,聚合度为1时的海藻酸与SARS-CoV-2-3CL蛋白酶及新型抑制剂中ACE2部分结合较好,可以同时作为阻断剂和抑制剂发挥潜在作用,为后续以不同小分子量海藻酸作为SARS-CoV-2潜在阻断剂和抑制剂的研究奠定理论基础,并对天然海洋生物抗病毒活性的研究做出展望.