聚类分析在自身免疫病基因表达谱研究中的初步应用

摘要

目的探讨聚类分析方法在自身免疫病基因表达谱研究中的应用价值.方法从正常对照及自身免疫病患者外周血提取总RNA, 逆转录合成单链、双链cDNA后,体外转录合成生物素标记的 cRNA与基因芯片进行杂交,再经抗原抗体反应和标记荧光染料Cy3标记后,用基因芯片扫描仪进行图像扫描.经Quant Array分析软件将扫描的图像信息转化为数据.然后,进一步将标准化的数据用Gene Spring分析软件进行试验样本和基因的聚类分析.结果 10例系统红斑狼疮(SLE)、1例多发性肌炎(PM)和1例类风湿关节炎(RA)患者与1名正常对照外周血细胞的基因表达谱是不同的,患者之间的表达谱因临床表现的异质性,其表达谱也有差别,但SLE的聚类可与PM、RA相区分,同一SLE患者,2次采血所得的表达谱具有极强的相似性.基因聚类分析显示,具有相似功能的基因具有相似表达模式,据此可发现许多已知基因的免疫功能.结论聚类分析方法能根据基因表达谱,将基因进行功能分类,故可将自身免疫病的样本进行疾病分类.因此,本方法可应用于基因表达谱数据的分析.