长链非编码RNA预测头颈部鳞状细胞癌患者预后的研究

摘要

cqvip:目的研究长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)预测头颈部鳞状细胞癌(head and neck squamous cell carcinoma,HNSC)患者预后的作用。方法下载癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中HNSC的lncRNA表达数据,使用edgeR包分析HNSC样本中差异表达的lncRNAs。使用COX回归分析筛选预测预后的关键lncRNAs,使用Kaplan-Meier法分析不同数据集中关键lncRNAs与预后的关系,最后对关键lncRNAs相关蛋白编码基因进行功能富集。结果筛选出5个lncRNAs(RP11-865I6.2、RP11-417L19.2、RP11-567M16.1、RP11-44K6.2、FALEC)与预后显著相关。在不同数据集中,高风险患者预后明显差于低风险患者,而且5个lncRNAs独立于临床病理参数。功能富集主要集中在白细胞粘附、抗原处理和呈递、淋巴和T细胞分化激活。结论5个lncRNAs可作为一个独立的预测HNSC患者生存预后的标志物。