CTHRC1基因在胃癌中ceRNA调控网络构建及免疫相关性分析

摘要

目的构建CTHRC1基因在胃癌中的ceRNA调控网络,并进行免疫相关性分析。方法利用TCGA数据库,下载胃癌患者肿瘤组织和癌旁组织全基因组测序信息和临床信息,通过R软件分析CTHRC1基因的表达与患者预后的临床相关性,同时进行多数据库和PCR实验进行相互验证。通过starBase数据库寻找与CTHRC1基因结合的靶向miRNA、lncRNA,从而筛选出对患者总体生存率有影响的关键miRNA和lncRNA,并构建ceRNA调控网络。对CTHRC1基因的表达情况与免疫细胞的浸润量、肿瘤微环境、甲基化、肿瘤干细胞指数等多组学的相关性进行探讨。构建CTHRC1基因的PPI网络,并进行基因通路富集分析。结果胃癌患者肿瘤组织中CTHRC1基因表达量明显高于正常组织,高表达CTHRC1基因组患者总体生存时间明显短于低表达组。Cox回归分析发现CTHRC1基因表达量是影响胃癌患者总体生存时间的独立危险因素。共筛选到3个关键miRNA(hsa-let-7g-5p、hsa-let-7f-5p、hsa-miR-30b-5p)和3个关键lncRNA(MIR99AHG、CARMN、PWAR5),构建了3条ceRNA网络图。CTHRC1基因高低表达组的胃癌患者,免疫细胞浸润量明显不同,且CTHRC1基因表达与免疫检查点基因表达均呈正相关。PPI网络发现CTHRC1基因与DVL3、DVL1、DVL2、ROR2、WNT3A、FZD5、FZD6基因表达明显具有相关性,相关系数>0.9。多组学分析发现,CTHRC1基因表达与肿瘤干细胞指数、肿瘤微环境、甲基化程度均具有统计学意义上的相关性。富集分析发现CTHRC1基因在多条通路上高富集。结论MIR99AHG/CARMN-hsa-let-7g-5p-CTHRC1和PWAR5-hsa-miR-30b-5p-CTHRC1组成的3条ceRNA网络中的基因,可能是影响胃癌患者预后的关键基因,且与免疫细胞具有明显的相关性。