全基因组筛选与鉴定泛癌非编码RNA246作为一种新的泛癌抑制非编码RNA

摘要

目的 通过生物信息学与功能研究,探讨新的抑癌非编码RNA(ncRNA)及确定其功能.方法 通过对癌症基因组图谱(TCGA)数据库泛癌RNA-seq数据中ncRNA进行全基因组meta分析,筛选出新的下调表达泛癌ncRNA.以细胞增殖、迁移、侵袭、凋亡等体外功能实验确证该ncRNA的泛癌抑制功能.组间比较采用双侧t检验.结果 全基因组meta分析发现1 615种差异表达ncRNA,其中由ENSG00000231246编码的ncRNA未见报道,我们将其命名为泛癌非编码RNA246(PANC246).相对于未转染组和转染pcDNA3.1空质粒组,过表达PANC246质粒转染的食管癌、肝癌、胃癌、结直肠癌等癌细胞株,其细胞增殖(t=7.252,P＜0.01)、迁移(t=15.073,P＜0.01)和侵袭能力(t=11.003,P＜0.01)显著降低,而细胞凋亡显著增加(t=23.293,P＜0.01).与未转染组和空质粒组比较,PANC246高表达可显著抑制CDK2(t=19.301,P＜0.01)、KRAS(t=14.682,P＜0.01)、MUC16(t=22.581,P＜0.01)等原癌基因mRNA表达.结论 PANC246是一种新的泛癌抑制ncRNA,有望作为广谱抗癌治疗的新靶点.