BAP1、FOXO3和ITPR2基因表达变化与葡萄膜黑色素瘤转移和预后关联分析

摘要

目的鉴定分子遗传学水平上与葡萄膜黑色素瘤(UM)转移和预后相关的潜在标志物。方法收集肿瘤基因组图谱数据库中2007—2019年80例UM样本的信息,根据是否发生转移分为转移组18例和非转移组62例。采用R软件中的maftools函数包分析UM样本中的基因突变种类、变异类型、单核苷酸变异(SNV)类型和基因突变比例,计算肿瘤突变负荷;采用R软件中的edgeR软件包分析转移组和非转移组间的差异表达基因(DEGs);采用KOBAS工具对DEGs的京都基因与基因组百科全书通路进行富集,筛选出预后相关基因。采用survival函数包建立Cox回归模型验证基因突变情况和DEGs的预后评价。结果UM基因突变中以错义突变为主,主要变异类型为SNV,UM基因突变负荷低。与非转移组相比,转移组中存在562个DEGs,在基因集富集分析中,3条与眼部疾病和癌症相关的通路显著富集,分别为玻璃体视网膜变性、癌症相关蛋白多糖和PI3K-Akt信号通路。转移组BAP1、FOXO3和ITPR2基因表达量分别为2982.50(1251.50,5637.00)、1223.00(914.75,2706.25)和2201.50(570.75,4814.00),与非转移组的5225.00(2281.25,8784.00)、2293.50(1254.25,3693.75)和474.00(153.00,1437.75)比较,转移组BAP1和FOXO3表达量显著下调,ITPR2表达量显著上调,差异均有统计学意义(Z=-1.786、-1.982、-3.065,均P<0.10)。采用Cox模型单因素分析显示,BAP1基因突变、FOXO3基因表达下调和ITPR2基因表达上调与不良预后显著相关(均P<0.10)。结论BAP1基因突变、FOXO3基因下调和ITPR2基因上调可作为UM转移和预后的潜在生物标志物。