辽宁省甲3亚型流感病毒HA1基因特性分析

摘要

目的了解2001—2006年间辽宁省甲3亚型流感病毒HA1基因变异特征。方法采用辽宁省流感监测的咽拭分离株,对其中的7株甲3病毒核酸提取,经逆转录-聚合酶链反应（RTPCR）,扩增产物测序,推导出其氨基酸序列,并用DNAMAN软件包中的Alignment做了差异和同源性比较,用Mega软件包中的Neighbor Joining方法,通过与NCBI数据库中2000—2006年28株H3N2流感病毒同源比对后,制作种系进化树,进行基因进化特征分析。结果序列分析发现,甲3亚型流感病毒与WHO当年的疫苗株A/California/7/2004比较,在其HA1核酸序列上有12处碱基不同,4个氨基酸位点发生了替换。基因及氨基酸序列同源性下降。与WHO北半球疫苗株A/Wisconsin/67/2005序列更接近,但仍有4处碱基不同。结论甲3亚型流感病毒基因序列发生了变异,与甲3亚型疫苗株A/California/7/2004同源性有下降趋势,提示其抗原可能发生部分漂移或更换,与南方浙江2005年株、WHO北半球2006—2007疫苗株A/Wisconsin/67/2005序列接近,提示南方春夏季流感流行株极有可能在北方秋冬季流行,对流感流行病学监测,疫苗株使用指导都具有重要意义。