基于癌症基因组图谱和Oncomine数据库膀胱尿路上皮癌生物信息学分析

摘要

目的 通过癌症基因组图谱(TCGA)和Oncomine数据库深入挖掘膀胱尿路上皮癌发生的关键基因.方法 从TCGA数据库中下载膀胱尿路上皮癌RNA测序数据,利用R软件对膀胱尿路上皮癌与癌旁正常组织进行比较,获取差异表达基因,结合用于基因注释、可视化和集成发现的数据库(DAVID)和功能蛋白协作网络(STRING)中的在线生物信息学工具,对差异表达基因进行功能富集分析和调控网络分析,并构建蛋白质—蛋白质相互作用(PPI)网络,进一步利用Cytoscape软件中的Cytohubba进行关键(Hub)基因筛选.通过Oncomine数据库对Hub基因进行Meta分析,获取关键基因.结果 共筛选出膀胱尿路上皮癌差异表达基因1650个,其中表达上调基因565个,表达下调基因1085个,通过分析后获取PPI网络中前10位Hub基因,分别是GNG7、GNG11、BDKRB2、BDKRB1、NMUR1、NPSR1、CHRM5、TACR2、TAC1和TACR1.通过Oncomine数据库对Hub基因进行Meta分析,最终获得1个关键基因为TACR1.结论 基于TCGA和Oncomine数据库,获取膀胱尿路上皮癌关键基因TACR1,将为膀胱尿路上皮癌诊断、治疗及预后的研究提供新的思路.