利用基因组数据对长爪沙鼠微卫星位点的筛选与优化

摘要

目的 利用基因组数据筛选更多有效的长爪沙鼠微卫星位点用于近交系和封闭群遗传质量分析,丰富长爪沙鼠遗传数据.方法 通过对长爪沙鼠全基因组测序结果 分析,选出符合微卫星标准的重复序列357个,根据每个位点的侧翼序列设计并合成相应引物.提取长爪沙鼠基因组DNA进行PCR扩增,经引物序列和PCR条件优化以及凝胶电泳实验分析,对成功扩增的位点通过不同近交系和封闭群长爪沙鼠进行验证和优化,筛选出适于遗传质量分析的位点.结果在357个微卫星位点引物中,135个位点引物成功扩增PCR产物.分析结果显示,其中10个位点可以将长爪沙鼠脑缺血和糖尿病模型近交系区分开.在12只封闭群长爪沙鼠中,23个位点呈现出多态性.结论 成功筛选出了135个长爪沙鼠微卫星位点,部分位点可用于近交系和封闭群长爪沙鼠遗传质量分析.