参数序列比对算法研究

摘要

序列比对是生物信息学中的一项重要任务,通过序列比对可以发现生物序列中的功能、结构和进化的信息.序列比对结果的生物学意义与所选择的匹配、不匹配、插入和删除以及空隙的罚分函数密切相关.现介绍一种参数序列比对方法,该方法把最佳比对作为权值和罚分的函数,可以系统地得到参数的选择对最佳比对结果的影响.然后将其应用于RNA序列比对,分析不同的参数选择对序列比对结果的影响.最后指出参数序列比对算法的应用以及未来的发展方向.