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符号对照表
缩略语对照表
第一章 绪论
1.1研究背景及意义
1.2研究现状
1.3本文工作
第二章 预备知识
2.1短读序列比对基础概念
2.2 q-grams及鸽笼原理
2.3局部序列比对算法
2.4本章小结
第三章 高通量测序数据集的短读序列比对算法SSFA
3.1算法框架
3.2轻量化哈希索引的结构设计
3.3短读序列的种子分组算法
3.4短读序列的过滤算法
3.5时间分析
3.6双端短读序列比对
3.7本章小结
第四章 实验结果与分析
4.1实验环境及数据源
4.2参数选择
4.3算法性能比较
4.4本章小结
第五章 总结与展望
5.1总结
5.2展望
参考文献
致谢
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