果蝇启动子区域CpG岛和TATA框预测与分析

摘要

CpG岛和TATA框在基因表达调控方面具有重要的作用,本研究从EBI核酸数据库中下载经试验证实的果蝇启动子序列共计1 917条,对其中的CpG岛、GC碱基分布和TATA框进行了分析.预测果蝇启动子序列中CpG岛的最佳参数组合为:GC最低含量为0.44,CpG最低出现率为0.6,CpG岛最小长度为200 bp,在此条件下,发现有84.82%的果蝇启动子中含有1～2个独立的CpG岛.果蝇启动子序列的平均GC含量为39.83%,GC碱基在启动子中的分布表现出规律性变化.果蝇启动子中TATA框的分布比较广泛,有32.86%的启动子中含有1个TATA框;有18.73%的启动子中含有2个TATA框;另有13.88%的启动子中含有2个以上的TATA框;此外,有34.53%的启动子没有TATA框.表明果蝇启动子中有比较丰富的CpG岛和TATA框.