Bta-miR-223靶基因及调控网络的生物信息学分析

摘要

旨在预测奶牛microRNA-223(bta-miR-223)的候选靶基因,并对其进行蛋白质互作分析、信号通路富集分析,构建其可能参与的调控网络,为bta-miR-223参与乳腺炎抗性调控机制研究提供理论依据。利用Targetscan和miRWalk在线分析工具预测其候选靶基因,利用STRING和DAVID在线分析工具分别对候选靶基因进行蛋白质互作分析以及KEGG通路分析,最后使用Cytoscape可视化软件绘制bta-miR-223候选靶基因可能重点参与的调控网络。结果表明,bta-miR-223候选靶基因FBXO30与SMURF2,FBXW7与UBA2等存在蛋白互作关系。KEGG通路富集分析结果显示,这些候选靶基因参与上皮细胞的细菌入侵、胞吞作用以及PI3K-Akt、TGF-β、AMPK等信号通路。结果提示,bta-miR-223的候选靶基因FBXO30、SMURF2、FBXW7、UBA2等可能通过参与抗原加工、先天免疫系统和中性粒细胞脱颗粒反应,以及上皮细胞的细菌入侵、胞吞作用、PI3K-Akt等信号通路发挥重要作用。