基于全基因组SNP标记分析中国地方鸡品种的遗传多样性和种群结构

摘要

旨在对中国地方鸡品种的遗传多样性与种群结构进行分析。本研究使用Affymetrix Axiom 600K高密度鸡基因分型芯片对来自8个品种的157只地方鸡及233只商品鸡进行基因分型,以品种作为分组来计算各分组的观测杂合度、期望杂合度、次等位基因频率、近交系数及核苷酸多样性分析地方鸡群体的遗传多样性,利用进化树、主成分分析、群体结构、MDS等方法分析鸡群体的群体结构,基于状态同源(IBS)和群体分化系数(Fst)分析种群内部与种群之间的亲缘关系,利用长纯合片段(runs of homozygosity,ROH)估算得到基于ROH的近交系数。结果表明,各群体的观测杂合度均高于期望杂合度,次等位基因频率在0.175~0.236之间,近交系数在0.018~0.205之间,核苷酸多样性在0~6×10^(-4)之间,进化树与主成分分析表明品种间出现了明显的群体分化,地方鸡群体与商品鸡群的MDS分析发现我国地方鸡与商业肉鸡品种的遗传距离较近;IBS遗传距离在0.0929~0.3199之间;各品种成对Fst分析表明,群体间呈现中高分化程度(0.09~0.22);此次分析共得到了5242个ROH,长度分布在1~41.51 Mb之间,基于ROH的近交系数在0.010~0.150之间。以上结果表明,地方鸡遗传多样性整体较为丰富,其中狼山鸡与皖南三黄鸡的遗传多样性最高。斗鸡、固始鸡及茶花鸡近交程度较高,可能经历过近交事件。不同品种间出现了较高遗传分化,该研究结果将有助于设计和实施遗传资源保护策略,促进遗传资源在保护中利用、利用中保护。