肽质量指纹谱鉴定蛋白质时生物信息学分析条件的优化

摘要

为了优化肽质量指纹谱(peptide mass fingerprint, PMF)鉴定蛋白质的生物信息学分析条件.将牛碳酸酐酶2(carbonic anhydrase-2,CAH2)和人热休克蛋白70s(Hsp70s)进行2-DE分离、酶解,肽段经过MALDI-TOF MS分析得到PMF数据.选择Swissprot、MSDB、NCBInr、Random等数据库和MASCOT与MS-Fit搜索引擎,以牛CAH2为模型优化搜索参数,结果表明:Swissprot是适合做蛋白PMF分析的数据库;主要参数最佳设置为:漏切位点数为1个,肽质量容错数为±1 Da,同时肽质量类型选择平均分子质量比单同位素质量更便于候选蛋白的筛选.最后用人Hsp70s蛋白的PMF数据检验优化条件,结果表明,所选择的数据库及参数是可靠的.