非洲猪瘟病毒复制相关基因E165R启动子预测及其甲基化分析

摘要

ASF(非洲猪瘟)是由ASFV(非洲猪瘟病毒)引起猪的一种烈性、急性、出血性传染病.ASFV基因组为双股线性DNA(170～190 kb),可编码150～200种病毒,已报道ASFV的E165R基因与其复制相关,E165R编码的dUTPase蛋白结构已被解析.本文旨在利用软件和数据库对基因E165R的启动子进行生物信息学分析,进而分析其甲基化.首先,针对不同毒株的E165R启动子序列进行同源进化树分析,结果显示E165R启动子序列高度保守;然后,利用软件和数据库分析E165R启动子活性区域和转录因子,发现E165R启动子含有3个活性区域,启动子含有Sp1、c-Jun和C/EBPalp等6种转录因子,在Sp1、Oct-1和C/EBPalp结合序列上含有cg甲基化位点;最后,成功预测E165R启动子甲基化区域并设计了甲基化检测引物.本研究,首次从DNA甲基化角度出发,对ASFV的E165R基因启动子进行生物信息学分析,为下一步研究DNA甲基化影响ASFV的复制打下基础.