铜死亡相关基因模型鉴定显示脂肪酸代谢在肝细胞癌患者中的重要性

摘要

目的研究肝细胞癌(HCC)患者中铜死亡相关(cuproptosis-related)基因的特征。方法从网络国际癌症基因组联盟(ICGC)和癌症基因组图谱(TCGA)下载HCC患者的RNA测序数据和临床数据。确定肿瘤和正常组织之间差异表达的铜死亡相关基因(Cu-Cors),并对差异表达基因(DEG)和12个报告的铜死亡基因进行共表达分析。使用单变量Cox回归分析、最小绝对收缩和选择算子(Lasso)以及多变量Cox回归分析,用ICGC数据集的Cu-Cors构建预后模型。将TCGA数据集用作试验组。使用Kaplan-Meier生存分析、受试者工作特征曲线、主成分分析和t分布随机邻域嵌入验证模型准确性,揭示临床特征与预测风险评分之间的相关性。进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集的功能富集分析。分析免疫细胞浸润、免疫检查点(ICP)表达和潜在有效化合物。使用基于风险评分的一致聚类生成的亚型进行相关分析。结果含伴侣蛋白的无尾复合物多肽1亚基6A(CCT6A)、细胞分裂周期相关蛋白-3(CDCA3)和TIMELESS相互作用蛋白(TIPIN)用于预后模型构建,准确性验证显示模型稳定。免疫细胞浸润分析显示记忆CD4 T细胞显著增加,在高危组被激活。鉴定出7个可能对免疫治疗有反应的ICP,筛选出14种潜在的免疫治疗药物。功能富集分析显示,脂肪酸代谢与HCC进展高度相关。结论Cu-Cors构建的预后模型与脂肪酸代谢高度相关,可以预测HCC患者的总生存期(OS)并指导免疫治疗。