羊BMPR-IB基因非同义单核苷酸多态性的生物信息学分析

摘要

以羊BMPR-IB基因为研究对象,采用生物信息学方法,对该基因潜在的、具有生物学功能的非同义单核苷酸多态性位点(nsSNPs)进行预测,通过SIFI、PolyPhen-2、PROVEN等软件分析预测nsSNPs是否对BMPR-IB蛋白的结构及功能产生影响;通过I-Mutant 3.0、BDM-PUB、GPS-SUMO、Consurf等软件分析预测有害位点nsSNPs对蛋白质稳定性、泛素化修饰位点、磷酸化修饰位点、氨基酸进化位保守水平等是否有影响.结果表明:BMPR-IB基因存在9个nsSNPs位点,其中Q305R、R469K两个位点为主要的有害突变;9个nsSNPs位点BMPR-IB蛋白稳定性均有所降低,其中C35Y、C45S、R44H的稳定性大大降低.预测结果显示,Q305R、R469K为羊BMPR-IB基因的潜在功能性位点.