变性梯度凝胶电泳研究印度大额牛、牦牛及云南黄牛的瘤胃优势菌群

摘要

采用PCR-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)法对印度大额牛、牦牛及云南黄牛瘤胃优势菌群进行研究。通过DGGE图谱分析,优势带识别及16S rDNA系统发育树分析揭示了3种牛各自的瘤胃优势菌群,同时比较了3个牛种间的差异。DGGE图谱证明印度大额牛含有的瘤胃优势菌最丰富,并且较另外两种牛种内个体间的相似性也最低。共检测45个序列,序列相似性分析表明印度大额牛检测序列出现在未能培养细菌中的序列最多,达到总检测序列数的85%;而牦牛和云南黄牛检测序列则分别有44.4%和68.8%的序列出现在未能培养细菌中。根据系统发育树分析表明,大额牛的瘤胃优势菌群在系统发育树上处于厚壁菌门和拟杆菌的位置,而已知细菌多属于毛螺菌、生黄瘤胃球菌及速生梭菌。此外,牦牛的优势菌大多属于厚壁菌和拟杆菌,已知优势菌种类包括生黄瘤胃球菌、溶纤维丁酸弧菌、瘤胃假丁酸弧菌、食琥珀酸施氏菌及梭菌目细菌,这些多为瘤胃细菌。另外,云南黄牛的瘤胃优势菌属于厚壁菌、拟杆菌及放线菌,已知优势菌包括普雷沃氏菌属、缓慢葡萄球菌、木糖葡萄球菌及棒状杆菌。本研究首次发现牛的瘤胃中存在缓慢葡萄球菌和木糖葡萄球菌。