麦洼牦牛SRY基因克隆及序列分析

摘要

SRY是Y染色体上具体决定生物雄性性别的基因片段,是多数哺乳动物性别决定基因之一.本试验采用克隆测序SRY基因并结合生物信息学对其序列进行分析,利用软件Codon W分析麦洼牦牛、普通牛、绵羊、山羊、猪、小鼠、鸡和人该基因编码区的密码子偏好性.克隆测序得到SRY基因序列含1个690 bp的开放阅读框,共编码229个氨基酸;其编码区核苷酸序列与普通牛、绵羊、山羊、猪、小鼠、鸡、人相应序列间的一致性分别为99.9％、93.9％、91.2％、76.5％、43.3％、21.4％、69.1％.经聚类分析,麦洼牦牛首先与普通牛聚在一起,绵羊与山羊聚为一类,这两类相聚后再依次与猪、人、小鼠相聚,最后与鸡聚为一类,其结果与以往的生物学分类结果一致.该基因编码的蛋白质分子式为C1155 H1827N351O348S11,相对分子质量为2655.0,理论等电点PI为9.55,亲水性平均数为-0.855.其密码子偏好性分析显示,T3s为0.2905、C3.为0.3240、A3s为0.3728、G3.为0.2963,第3位碱基中出现G和C占第3位碱基总量的48％,同义密码子数为61.上述数据表明麦洼牦牛SRY基因编码序列与普通牛、绵羊、山羊、猪、人具有较高的一致性.在物种进化过程中较为保守.该基因对含A的密码子有较高的偏爱性,尽量避开以G结尾的密码子,且其所编码的蛋白质为亲水性蛋白.