猪细环病毒1b型ORF3基因克隆及序列分析

摘要

为明确福建省猪细环病毒(porcine torque teno sus virus,PTTSuV) 1b型(PTTSuV-1b)ORF3基因的遗传进化特征,本研究根据GenBank中登录的PTTSuV-1b基因组特征设计特异性引物,对福建省某猪场患有仔猪断奶后多系统衰竭综合征(PMWS)的猪血清进行PTTSuV-1b分段扩增,并分别对PCR扩增产物进行胶回收后克隆测序,将测序结果经BLAST分析后进行序列拼接.试验结果表明,所扩增的目的片段编码有完整的PTTSuV-1b ORF3蛋白,全长为600 bp,编码有199个氨基酸.将获得的PTTSuV-1b型福建株与GenBank中PTTSuV-1b型的ORF3基因进行比对分析,其与FJ/China/2010/TTV2/2株核苷酸同源性最高,为99.7％,与西班牙PTTSuV-1b分离株TTV2_G43核苷酸同源性为97.3％,与SC株核苷酸同源性稍低,但也达94.0％;而与猪细环病毒K2型德国家猪分离株472142株核苷酸同源性仅为60.7％,与猪细环病毒1a型西班牙分离株PTTV1_1914株核苷酸同源性仅为46.8％.从遗传进化关系上看,PTTSuV-1b ORF3基因在遗传进化上呈2个大的遗传进化分支(分支Ⅰ和分支Ⅱ),本研究分离株处于分支Ⅰ.