猫细小病毒VP2基因克隆与生物信息学分析

摘要

为了解猫细小病毒(feline parvovirus,FPV)VP2蛋白的分子特点及变异规律,克隆FPV山东分离株SD-01的VP2基因,对其进行生物信息学分析.首先,以FPV阳性病料基因组DNA为模板,PCR扩增VP2基因并克隆获得重组质粒pMD18-T-FPV SD-01-VP2.测序结果显示:VP2基因全长1755 bp,编码584个氨基酸;氨基酸同源性比对发现,与其他FPV分离株的VP2基因氨基酸同源性较高,可达99.0％～100％.生物信息学分析结果显示:VP2蛋白为非分泌型的亲水性蛋白,无信号肽和跨膜区域;二级结构中α螺旋、延伸链、β转角和无规则卷曲分别占8.7％、24.5％、4.3％和62.5％;三级结构预测发现,VP2蛋白以无规则卷曲为主,与二级结构预测结果一致.亚细胞定位预测显示,VP2蛋白不含有线粒体导肽(mTP)或分泌通道信号肽(SP),定位在细胞质和细胞核中的概率较高,分别为47.8％和26.1％.B细胞抗原表位预测结果显示,VP2蛋白的抗原性及表面可及性较高,共含有11个潜在的优势B细胞抗原表位.蛋白翻译后修饰预测结果显示,VP2蛋白可能含有49个潜在磷酸化修饰位点,6个N-糖基化修饰位点和21个O-糖基化修饰位点,且这些修饰位点在FPV VP2蛋白内高度保守.本研究有助于了解我国FPV流行情况,掌握其重要结构蛋白VP2的理化性质和特性,从而为下一步VP2蛋白功能研究和疫苗研发奠定了基础.