甲基丙烯酸环氧丙酯诱导16HBE细胞恶性转化相关m6A修饰异常mRNA的分析

摘要

目的:检测甲基丙烯酸环氧丙酯(GMA)诱导16HBE细胞恶性转化相关mRNA的m6A甲基化修饰水平,筛选出m6A修饰的mRNA并进行功能注释.方法:GMA(8μg/mL)重复染毒16HBE细胞后,收集GMA染毒组和DMSO对照组的第30代细胞,采用高通量人类表观转录组芯片检测16HBE细胞恶性转化相关mRNA的m6A修饰水平,应用Visual Studio Code软件进行m6A修饰mRNA的筛选,并利用Omicshare工具对这些mRNA进行GO富集分析和KEGG通路分析.结果:与对照组细胞比较,GMA诱导的恶性转化16HBE细胞中m6A修饰水平异常的mRNA共有454个,其中高甲基化水平mRNA 334个,低甲基化水平mRNA 120个;表达水平异常的mRNA共有434个,其中高表达mRNA 236个,低表达mRNA 198个.m6A修饰的mRNA有45个,GO富集分析结果显示上述mRNA主要富集于SNAP受体活性、SNARE结合、SNARE复合体等生物学过程,KEGG通路分析主要富集于囊泡运输中的SNARE相互作用、非同源末端连接、苯丙氨酸代谢等通路.结论:m6A修饰mRNA可能在GMA诱导16HBE恶性转化过程发挥重要作用.