生物效应大数据评估聚类算法的并行优化

彭绍亮; 杨顺云; 孙哲; 程敏霞; 崔英博; 王晓伟; 李非; 伯晓晨; 廖湘科

首页> 中文期刊> 《大数据》 >生物效应大数据评估聚类算法的并行优化

生物效应大数据评估聚类算法的并行优化

开具论文收录证明 >>

期刊封面封底目录下载 >>

文献代查 >>

页面导航

摘要
著录项
相似文献
相关主题

摘要

生物效应评估通过测定和分析生物制剂刺激各种人体细胞后的数字化转录组反应,能够快速确定相关的检测标识物和治疗靶标.基于潜在生物制剂作用下的细胞反应大数据,推测突发生物效应模式.综合考虑了MPI、OpenMP两级并行加速,移植优化了基因探针富集分析(GSEA)比对算法和聚类算法,使用不同的数据量和并行度验证了优化后算法潜在的良好可扩展性和快速处理海量生物信息数据的能力.

著录项

来源
《大数据》 |2018年第3期|24-36|共13页
作者
彭绍亮; 杨顺云; 孙哲; 程敏霞; 崔英博; 王晓伟; 李非; 伯晓晨; 廖湘科;
展开▼
作者单位

湖南大学信息科学与工程学院&国家超级计算长沙中心, 湖南长沙 410082;

国防科技大学计算机学院, 湖南长沙 410073;

国防科技大学计算机学院, 湖南长沙 410073;

湖南大学信息科学与工程学院&国家超级计算长沙中心, 湖南长沙 410082;

湖南大学信息科学与工程学院&国家超级计算长沙中心, 湖南长沙 410082;

国防科技大学计算机学院, 湖南长沙 410073;

国防科技大学计算机学院, 湖南长沙 410073;

中国人民解放军军事医学科学院, 北京 100850;

中国人民解放军军事医学科学院, 北京 100850;

国防科技大学计算机学院, 湖南长沙 410073;

展开▼
原文格式 PDF
正文语种 chi
中图分类信息处理（信息加工）;
关键词
GSEA; 聚类; MPI; OpenMP;

相似文献

中文文献
外文文献
专利

1. 生物效应大数据评估聚类算法的并行优化 [J] . 彭绍亮12 ,杨顺云2 ,孙哲1 . 大数据 . 2018,第003期
2. 基于仿射传播聚类算法的大数据并行化分析研究 [J] . 汪俭华 ,陈守维 . 电子设计工程 . 2021,第013期
3. 面向大数据的并行聚类算法 [J] . 刘解放 ,张志辉 . 计算机工程与设计 . 2021,第008期
4. 基于MapReduce并行化计算的大数据聚类算法 [J] . 张文杰 ,蒋烈辉 . 计算机应用研究 . 2020,第001期
5. 电力通信大数据并行化聚类算法研究 [J] . 曾瑛 ,李星南 ,刘新展 . 电子技术应用 . 2018,第005期
6. 生物效应评估算法的移植和优化 [C] . Yang Shunyun ,杨顺云 ,Wang Xinyi . 2017年全国高性能计算学术年会 . 2017
7. 基于Spark的大数据并行聚类算法研究与改进 [A] . 李琪 . 2018

生物效应大数据评估聚类算法的并行优化

摘要

著录项

相似文献

相关主题

期刊订阅