结肠癌中PARPBP基因表达及功能的生物信息学分析

摘要

目的 应用生物信息学方法初步探讨PARPBP基因在结肠癌中的表达及预后价值.方法 通过TCGA数据库下载结肠腺癌(COAD)数据集,利用差异分析和HPA数据库考察COAD中PARPBP的mRNA和蛋白表达水平.借助WebGestalt在线工具对PARPBP表达相关基因进行KEGG富集分析.采用Log-rank法和卡方检验考察PARPBP与COAD患者预后及临床病理特征的相关性.在GEO数据库中分析PARPBP与COAD化疗耐药之间的关系.结果 COAD组织中PARPBP的mRNA和蛋白表达水平均上调.功能富集分析发现,PARPBP表达相关基因主要富集于DNA损伤修复和DNA复制相关通路,通过调控染色体不稳定性参与结肠癌的发生.此外,PARPBP基因低表达与COAD患者较高的病理N分期、肿瘤分期和不良预后显著相关.PARPBP基因在药物抵抗的结肠癌细胞株中表达下调,说明其与COAD细胞的药物敏感性相关.结论 PARPBP在结肠癌组织中高表达,其高表达是结肠癌患者预后的保护性因素.