我国地方鸡种TAP2基因SNP筛查及遗传结构分析

摘要

cqvip:抗原处理相关转运体基因(TAP)位于主要组织相容性复合体区域,而由TAP1和TAP2组成的二聚体能够将抗原肽从细胞质转运入内质网腔,因此,其在免疫反应过程中发挥重要的呈递作用。[目的]检测26个鸡种TAP2基因全长的序列信息,分析TAP2基因单核苷酸多态性,并进一步研究TAP2不同SNPs位点对其蛋白结构的影响及其在不同鸡种中的遗传变异特点。[方法]采用目标捕获序列测序方法,检测26个鸡种的260个体的TAP2基因全长,利用DNAMAN软件对26个鸡品种的测序序列进行比对分析,筛选不同鸡种TAP2基因存在的SNP位置以及类型,并通过软件预测分析SNP对蛋白的影响,进一步构建系统进化树,探究不同鸡种同源性。[结果]TAP2基因总共有效测序长度为3037 bp,在不同鸡种中一共发生了20个位点的突变,具有较为丰富的遗传多样性,其中9个SNP发生在外显子上,其余则存在于内含子,同时分析了对编码氨基酸产生影响的4个SNP(rs316795220、rs738706078、rs739725385、rs732937653)对蛋白结构的影响。[结论]鸡TAP2基因具有较高的多态性,这些丰富多态的基因的存在为进一步利用丰富的资源提供了原始材料。该研究为TAP2基因转运抗体功能关联研究候选SNPs的选择提供了科学依据。