新疆哈萨克族食管鳞癌差异表达mRNA的筛选

摘要

目的对新疆哈萨克族食管鳞癌(ESCC)组织与正常组织间差异表达的mRNA进行基因芯片筛选,进一步了解ESCC发生、发展机制。方法利用基因芯片对5对新疆哈萨克族ESCC组织与癌旁正常组织(距癌组织>5 cm)中mRNA进行筛选;利用R软件及R软件包进行生物信息学分析;结合生物信息学工具metascape对差异基因行GO功能注释和KEGG通路富集分析;利用生物信息学网站STRING及Cytoscape软件寻找核心基因;搜集23例新疆哈萨克族ESCC组织和20例癌旁正常组织,对核心基因PLAUR进行免疫组化验证。结果最终筛选出哈萨克族ESCC差异表达的mRNA 1764个(差异倍数≥2且P<0.01);差异表达的mRNA中上调的基因378个,下调的基因1368个,这些差异表达的mRNA涉及了一系列生物学功能及通路;免疫组化结果显示核心基因PLAUR在哈萨克族ESCC中表达高于癌旁正常组织。结论该研究通过基因芯片筛选出新疆哈萨克族ESCC组织与癌旁正常组织中差异表达的mRNA,找出了其中的核心基因,完善了新疆哈萨克族ESCC基因谱,为ESCC诊断、预后的进一步研究打下基础。