基于分子表面的水化自由能预测方法

摘要

报导了一种基于加权原子表面的水合自由能预测（SAWSA）.对于不同原子类型的溶剂化参数,其参数化分为三个步骤:首先用SMARTS语言确定不同的原子类型;然后计算每个原子的溶剂可及化表面;最后用遗传算法来优化不同原子类型的溶剂化参数.采用该模型,计算了18个蛋白质分子的水合自由能,预测结果和PB/SA的计算结果呈现了很好的线性关系(r=0.99),.计算表明,SAWSA模型对有机沁分子和生物大分子都具有很好的预测能力.