我国水稻条纹病毒一个强致病性分离物的RNA4序列测定与分析

摘要

对我国水稻条纹病毒(Rice Stripe Virus,RSV)一个强致病性分离物(辽宁PJ分离物)的RNA4区段进行扩增、克隆和测序,其核苷酸序列全长2157bp.与已报道的日本T和M分离物及我国云南CX分离物的RNA4序列进行比较分析,结果表明,这4个分离物可分为两组,其中,T、T和M分离物为一组,组内分离物之间,RNA4的毒义链(vRNA4)及RNA4的毒义互补链(vcRNA4)上的ORF的核苷酸一致性分别为97.0%和97.0%～97.5%,5＇末端和3＇末端非编码区的序列则完全一致.但PJ分离物与T分离物的亲缘关系更为密切,其基因间隔区(IR)与T分离物的等长,核苷酸一致性为93.0%,比M分离物的IR多了一段长19bp的插入序列,核苷酸一致性仅为85.0%.另一组为我国CX分离物,组与组之间,vRNA4及vcRNA4上的ORF的核苷酸一致性分别为94.0%和92.5%～93.5%,但在氨基酸水平上则没有明显的差异.CX分离物的IR与PJ分离物相比有一段长84bp的插入序列,组间,IR的核苷酸一致性仅为72.0%～75.0%,5＇末端非编码区的序列完全一致,但3＇末端非编码区有两个碱基的差异.这些结果表明,RSV在自然界的分子变异与其地理分布具有密切的关系.此外,非编码区序列的高度保守性暗示着它们在病毒基因转录和复制的调控方面具有重要的功能.本文还讨论了RSV的分子流行学.